Albert Döderlein (1860-1941), monachijski ginekolog w 1892 roku jako pierwszy opisał bakterie wyizolowane z pochwy – pałeczki produkujące kwas mlekowy, które do dzisiaj są zamiennie nazywane pałeczkami Döderleina.1 W kolejnych latach naukowcy opisywali właściwości tych pałeczek i potwierdzali ich dominującą rolę w prawidłowej wydzielinie pochwy, podając jednocześnie, że jest zasiedlana również przez inne bakterie zarówno tlenowe jak i beztlenowe, ale w znacznie mniejszej liczbie.

Rozwój mikroflory pochwy w cyklu życiowym jest stymulowany przez hormony, głównie estrogeny, których wysokie stężenie zaobserwowano w okresie noworodkowym oraz w okresie rozrodczym, kiedy ma miejsce odkładanie się dużych ilości glikogenu w nabłonku pochwowym. Glikogen ten jest metabolizowany przez wspomniane bakterie do kwasu mlekowego, zapewniającego kwaśne środowisko pochwy. Już dawno opisano różnice w mikroflorze pochwy w odniesieniu do poszczególnych okresów życia kobiety. Flora kobiecych dróg płciowych podlega ciągłym, dynamicznym, złożonym procesom kolonizacji, których mechanizmy nie są jeszcze w pełni poznane. Większa część wiedzy dotycząca mikroflory pochwy i jej składu pochodzi z badań jakościowych, opisowych. Nie mniej jednak wykazano bezsprzecznie znaczenie bakterii Lactobacillus w utrzymywaniu prawidłowego stanu zdrowia pochwy.
W dzisiejszych czasach zastosowanie technik molekularnych pozwala na wiele dokładniejsze analizy składu flory. Obliczono, że w 1 gramie prawidłowej flory pochwy znajduje się 107 bakterii, a stosunek bakterii tlenowych do beztlenowych wynosi 2:5.

Jak wspomniano wyżej gatunki Lactobacillus są dominującymi bakteriami prawidłowej flory pochwy. Taksonomia bakterii tego rodzaju ulega bardzo szybkim zmianom związanym z zastosowaniem coraz to nowszych metod molekularnych.
Szczególnie dotyczy to nazwy L. acidophilus, w dawnych czasach określającej praktycznie każdy szczep wyizolowany z flory pochwy, natomiast obecnie to tylko jeden gatunek w kompleksie L. acidophilus, występujący dosyć sporadycznie.
Wg starszych danych w prawidłowej wydzielinie pochwy najczęściej spotykamy gatunki: L. acidophilus, L. plantarum, L. brevies, L. jensenii, L. caseii, L. salivarius.

Flora pochwy z podziałem na poszczególne okresy życia kobiety:

• Okres płodowy – pochwa jest jałowa.
• Pierwsze 3 tygodnie życia pozałonowego – mikroflora pochwy zbliżona jest do obrazu pochwy dorosłej kobiety w okresie rozrodczym. Dzieje się tak ze względu na przejście przez barierę łożyska estrogenów matki.
• Przed menarche – mikroflora składa się z następujących bakterii: Staphylococcus epidermidis (21%), Diphteroides spp. (21%), Bacteroides spp. (19%), Peptococcus sp. (19%), Porphyromonas spp. (19%) i Gardnerella vaginalis (12%).
• Okres rozrodczy – flora bakteryjna pochwy z dominacją bakterii kwasu mlekowego.
• Okres pomenopauzalny – mikroflora pochwy przypomina środowisko pochwy u dziewczynek przed menarche ze spadkiem ilościowym bakterii kwasu mlekowego i mnogimi pałeczkami Gram-ujemnymi (E. coli).

We florze powyżej 20% kobiet moża znaleźć również drożdżaki Candida.